Op een nacht verzamelen alle dieren op Mr. Jones' Manor Farm zich in een schuur om de oude Major, een varken, een droom te horen beschrijven die hij had over een wereld waar alle dieren vrij van de tirannie van hun menselijke meesters leven. de oude Major sterft kort na de ontmoeting, maar de dieren - geïnspireerd door zijn filosofie van het Animalisme - beramen een opstand tegen Jones. Twee varkens, Sneeuwbal en Napoleon, bewijzen zichzelf belangrijke figuren en planners van deze gevaarlijke onderneming. Als Jones vergeet de dieren te voeren, vindt de revolutie plaats en worden Jones en zijn mannen van de boerderij verjaagd. Manor Farm wordt omgedoopt tot Animal Farm, en de Zeven Geboden van het Animalisme worden op de schuurmuur geschilderd.
Aanvankelijk is de opstand een succes: De dieren maken de oogst af en komen elke zondag bijeen om te debatteren over het beleid van de boerderij. De varkens worden vanwege hun intelligentie de toezichthouders van de boerderij. Napoleon blijkt echter een machtswellustige leider te zijn die de koemelk en een aantal appels steelt om zichzelf en de andere varkens te voeden. Hij doet ook een beroep op de diensten van Squealer, een varken dat de andere dieren ervan kan overtuigen dat de varkens altijd moreel en correct zijn in hun beslissingen.
Later die herfst keren Jones en zijn mannen terug naar Animal Farm en proberen ze het weer in te nemen. Dankzij de tactiek van Sneeuwbal verslaan de dieren Jones in wat daarna bekend wordt als The Battle of the Cowshed. De winter komt eraan, en Mollie, een ijdel paard dat zich alleen met linten en suiker bezighoudt, wordt door een ander mens van de boerderij gelokt. Sneeuwbal begint plannen te tekenen voor een windmolen, die voor elektriciteit zal zorgen en daardoor de dieren meer vrije tijd zal geven, maar Napoleon is fel gekant tegen zo'n plan op grond van het feit dat de bouw van de windmolen hen minder tijd zal geven voor het produceren van voedsel. Op de zondag dat de varkens de molen aan de dieren aanbieden voor een stemming, roept Napoleon een roedel woeste honden op, die de Sneeuwbal voor altijd van de boerderij verjagen. Napoleon kondigt aan dat er geen verdere debatten meer zullen plaatsvinden; hij vertelt hen ook dat de molen toch gebouwd zal worden en liegt dat het zijn eigen idee was, gestolen door Sneeuwbal. Voor de rest van de roman gebruikt Napoleon Sneeuwbal als zondebok, die hij de schuld geeft aan alle ontberingen van de dieren.
Een groot deel van het volgende jaar wordt besteed aan de bouw van de windmolen. Boxer, een ongelooflijk sterk paard, bewijst dat hij het meest waardevolle dier is in dit streven. Jones, ondertussen, verlaat de boerderij en verhuist naar een ander deel van het graafschap. In tegenstelling tot de principes van het Animalisme huurt Napoleon een advocaat en begint hij te handelen met naburige boerderijen. Als een storm de half voltooide windmolen omvalt, geeft Napoleon Sneeuwbal voorspelbaar de schuld en beveelt hij de dieren om te beginnen met de wederopbouw.
Napoleon's machtswellust neemt toe tot het punt waarop hij een totalitaire dictator wordt, die "bekentenissen" afdwingt van onschuldige dieren en de honden voor de hele boerderij laat doden. Hij en de varkens trekken het huis van Jones binnen en beginnen te slapen in bedden (wat Squealer verontschuldigt met zijn merk van verdraaide logica). De dieren krijgen steeds minder voedsel, terwijl de varkens dikker worden. Nadat de windmolen in augustus klaar is, verkoopt Napoleon een stapel hout aan Jones; Frederick, een naburige boer die het met vervalste bankbiljetten betaalt. Frederik en zijn mannen vallen de boerderij aan en laten de molen ontploffen, maar worden uiteindelijk verslagen. Naarmate meer van de Zeven Geboden van het Animalisme door de varkens worden gebroken, wordt de taal van de Geboden herzien: Bijvoorbeeld, nadat de varkens op een nacht dronken zijn geworden, wordt het Gebod, "Geen enkel dier zal alcohol drinken" veranderd in, "Geen enkel dier zal alcohol drinken in overmaat".
Boxer biedt opnieuw zijn kracht aan om een nieuwe windmolen te helpen bouwen, maar als hij uitgeput in elkaar stort, verkoopt Napoleon het toegewijde paard aan een vilder (een lijmkoker). Squealer vertelt de verontwaardigde dieren dat Boxer daadwerkelijk naar een dierenarts is gebracht en een vreedzame dood in een ziekenhuis is gestorven - een verhaal dat de dieren geloven.
Jaren gaan voorbij en Animal Farm breidt zijn grenzen uit nadat Napoleon twee velden heeft gekocht van een andere naburige boer, Pilkington. Het leven voor alle dieren (behalve de varkens) is hard. Uiteindelijk beginnen de varkens op hun achterpoten te lopen en nemen ze vele andere kwaliteiten van hun vroegere menselijke onderdrukkers aan. De Zeven Geboden worden gereduceerd tot één wet: "Alle dieren zijn gelijk / Maar sommige zijn meer gelijk dan andere." De roman eindigt met Pilkington die drankjes deelt met de varkens in Jones' huis. Napoleon verandert de naam van de boerderij terug in Manor Farm en maakt ruzie met Pilkington tijdens een kaartspel waarin beiden proberen de schoppenaas te spelen. Omdat andere dieren het tafereel van buiten het raam bekijken, kunnen ze de varkens niet onderscheiden van de mensen.
